Інструментарій CRISPR оволодів трьома новими трюками

Дата:

2018-07-22 13:35:07

Перегляди:

33

Рейтинг:

1Дизлайк 0Любити

Поділитися:

Інструментарій CRISPR оволодів трьома новими трюками Source:

CRISPR, супергерой редагування генів, став трохи могутніше. Минулого тижня в Science було опубліковано три дослідження, в яких провідні лабораторії з усього світу представили новітні доповнення до цієї методики, перетворюючи редактор генів у детектива вірусів або пильного історика, який переказує всю історію клітини ДНК. Як і CRISPR, ці нові технології обзавелися кумедними акронимами: CAMERA, DETECTR і SHERLOCK. Раптовий вибух застосувань CRISPR чітко показує, що вчені вивчили далеко не всі потенційні застосування цієї технології.

Щоб перетворити CRISPR в справжній мультитул, ученим довелося умудритись: CAMERA, клітинний рекордер, використовує кільця ДНК для зчитування історії клітини – наприклад, щоб дізнатися про антибіотиках або токсини.

SHERLOCK, навпаки, додається в «жертовні» молекули РНК, які нарізаються в присутності ДНК вірусу або раку, щоб викликати позитивний сигнал. Він проявляється у вигляді синьої лінії на паперовій смужці, як в тесті на вагітність.

«Все це демонструє дуже творчі способи, до яких вдаються люди, щоб змусити працювати відкриття в області CRISPR і створити ці синтетичні шляху», говорить доктор Дейв Севідж, білковий інженер з Каліфорнійського університету в Берклі, який не брав участі в дослідженнях.

Клітинний рекордер

Чорні ящики літака є цінним ресурсом для слідчих, коли політ йде шкереберть. Точно так само вчені довгий час сподівалися винайти клітинну машину часу, яка документує події в житті клітини – дози радіації, сплески препаратів, напади внутрішньої метушні, яка призводить до погіршення самопочуття клітини.

Що може бути краще, ніж вивчити історію клітини ДНК?

Доктор Девід Лю з Гарвардського університету скористався здатністю CRISPR точно нарізати ДНК і розробив «молекулярного історика» по імені CAMERA (CRISPR-mediated analogue multi-event recording apparatus).

Ось як він працює. Для початку вчені змінюють напрямну CRISPR молекулу – «напрямну» РНК у клітинах бактерій, щоб вона спрацьовувала тільки після спуска курка: припустимо, введення антибіотика або іншої хімічної атаки. Після активації напрямна РНК виводить Cas9, ножиці CRISPR, цільове розташування. Без направляючої РНК не буде нарізки.

На додаток до модифікованої системі CRISPR команда також дала клітинам два зайвих шматочки ДНК, закодованих в круговій ДНК під назвою плазміда. Звичайно клітина экспрессирует дві плазміди з постійною швидкістю. Але як тільки активується напрямна РНК, вона (і Cas9) йде за однією з плазмід і з'їдає її, залишаючи інший недоторканим.

Отже, вчені можуть з легкістю виміряти співвідношення двох плазмід. Використовуючи цю систему, вчені змогли дізнатися, чи була клітина піддається дії тетрацикліну, відомого антибіотика.

Ця перша система працювала тільки з бактеріальними клітинами. Лю і його команда потім розробили другу методику CAMERA, яка використовує модифікований Cas9. Замість того щоб зрізати цільовий ген, ці ножиці знаходять певну букву ДНК і змінюють її на іншу.

Як і раніше, система активується тільки у відповідь на певні сигнали – препарати, поживні речовини, світло або навіть сигнальні молекули, клітини, на зразок тих, що пов'язані з раком. Рекордер не тільки записує присутність сигналу; зчитуючи частку букв ДНК, які зазнали заміні, команда також може визначити його тривалість і силу.

На відміну від клітинних рекордерів попереднього покоління, система Лю високочутлива і потребує лише десятка клітин для генерації сильного сигналу. SCRIBE, схожий рекордер, розроблений доктором Тімоті Лу в MIT ще в 2014 році, потребує «на порядок» більше клітин, щоб витягти досить слабкий сигнал.

CAMERA володіє і іншими корисними функціями. Інструмент може, наприклад, записувати кілька сигналів одночасно. Дані також можна стерти, використовуючи препарати, які повертають співвідношення плазмід до вихідного рівня.

Лу вражений. Нова робота, за його словами, «дійсно прекрасне» і «важлива». Хоча будь-яке медичне застосування потребує довгого шляху, ця система може допомогти у виявленні забруднювачів навколишнього середовища або ж відстежувати певні молекулярні сигнали, які перетворять стовбурові клітини в нейрони, м'язи або інші типи клітин.

Мисливці за вірусами

Два інших дослідження присвячені перетворенню CRISPR в чутливий діагностичний інструмент.

DETECTR використовує перевагу менш відомого побратима Cas9 – Cas12.

Як і Cas9, Cas12 слід за направляючої РНК мета і зрізає її. Але на цьому робота ножиць не зупиняється. Група під керівництвом Дженніфер Дудны, одного з винахідників CRISPR в Каліфорнійському університеті Берклі, несподівано виявила, що Cas12 залишається активним після зрізання мети – він миттєво починає полювати за одноцепочечными молекулами ДНК, намагаючись їх знищити.

Спостерігаючи за цією цікавою активністю, вчені вирішили додати молекулярні неонові сигнали в направляючу РНК, щоб вона світилася яскравим зеленим кольором після активації Cas12.

Щоб довести концепцію, вчені винайшли декілька напрямних РНК, які прив'язуються до різних штамів вірусу папіломи людини (ВПЛ), деякі з яких викликають рак шийки матки. Система DETECTR виявилася здатна виокремити два особливо небезпечних штами ВПЛ в бульйоні з різних віруснихштамів.

«Цей білок працює як надійний інструмент виявлення ДНК з різних джерел», говорить автор дослідження Дженіс Чен. «Ми хочемо розсунути межі технології, яка має потенційне застосування у будь-діагностичної ситуації, де є компонент ДНК, включаючи рак і інфекційні захворювання».

Зворотна сторона? Ненажерливість Cas12 може обмежити його використання для лікування генетичних захворювань у людей. Стартап Editas вже ліцензував Cas12 для подальшої розробки, і нова робота вчених може перешкодити його амбіційним планам.

Тим не менш скидати Cas12 з рахунків поки занадто рано. У той час як людська ДНК розмотується в одноцепочечную ДНК (і стає мішенню Cas12), цей фермент в основному зв'язується з геномної ДНК. Це обмежує його здатність полювати на потенційні одноцепочечные жертви, пояснює доктор Фен Чжн з Broad Institute, який написав роботу по SHERLOCK.

SHERLOCK, заснований на системі, вперше розробленої в 2017 році, – Specific High Sensitivity Reporter unlocking – використовує Cas13 в якості ріжучого інструменту. У Cas13 теж є режим буйства, в який він занурюється після знищення первісної мети.

У випадку з SHERLOCK Чжан і його колеги додали «жертовні» молекули РНК, які створюють сигнал після розщеплення. У присутності вірусної ДНК або РНК – наприклад, Зіку, Ебола або вірусу лихоманки денге – Cas13 кусає вірусну мішень і жертовну РНК, вивільняючи разом з тим позитивний сигнал.

SHERLOCK 2.0, про якому було розказано в Science минулого тижня, в 100 разів чутливіші оригіналу і може виявляти до чотирьох різних цілей одночасно.

Він також дуже практичний для польового використання: всі реагенти знаходяться в паперовій смузі, яка занурюється в тестовий зразок. Якщо з'являється смужка, тест позитивний – ніяких дорогих інструментів більше не потрібно.

Як і DETECTR, це робить SHERLOCK особливо корисним під час спалахів. Технологію можна легко модифікувати для відстеження інших молекул ДНК у крові, наприклад, які зазвичай пов'язані з раком або старіючими клітинами.

Разом дослідження підтверджують зростаючу дослідницьку тенденцію вивчення додатків CRISPR за межами генної терапії. Порівняно з терапією на основі CRISPR, яка вимагає багатьох років ретельної перевірки безпечності та ефективності, що ці «альтернативні» способи можуть спокійно увійти в науковий і діагностичний потік набагато швидше.

Хоча нові трюки CRISPR вимагають випробувань, експерти налаштовані оптимістично.

Більше:

Коронавірус мутував в 30 нових штамів

Коронавірус мутував в 30 нових штамів

Поки коронавирусный апокаліпсис повільно але неминуче стає рутиною, сам вірус SARS-CoV-2 продовжує розвиватися. І, на жаль, у нього добре виходить. Як пише , з посиланням на South China Morning Post, нові дослідження показують, що вірус SARS-CoV-2, в...

У США визнали, що на апараті ШВЛ помирає 88% пацієнтів з коронавірусом

У США визнали, що на апараті ШВЛ помирає 88% пацієнтів з коронавірусом

Коли в світі вирує коронавірус, який призводить до пневмонії і вбиває людей, єдиним рішенням буде посилене лікування. Якщо цього не робити, жертв буде дуже багато. На сьогоднішній день для важких пацієнтів є тільки одне рішення — підключення до...

Може переливання плазми крові вилікувати коронавірус?

Може переливання плазми крові вилікувати коронавірус?

Зазвичай вакцинація має на увазі під собою введення в організм ослаблених або вбитих мікроорганізмів (вірусів), призначених для створення стійкого імунітету до можливим майбутнім інфекційних захворювань — тобто для виділення антитіл. Але що роб...

Примітка (0)

Ця стаття не має коментарів, будьте першим!

Додати коментар

Новини

Вчені зрозуміли, як працює «фермент безсмертя»

Вчені зрозуміли, як працює «фермент безсмертя»

Про пошуках безсмертя або хоча б продовження життя написаний не один роман, знято не один фільм і проведена маса наукових робіт. Але справа в тому, що так званий фермент безсмертя знайдено вже досить давно, а от розгадати його тає...

Google вчить нейромережа передбачати смерть людину

Google вчить нейромережа передбачати смерть людину

Сучасна медицина націлена на те, щоб запобігти і передбачити розвиток серйозних життєзагрожуючих захворювань. Однак сил і знань людини часто виявляється недостатньо для того, щоб передбачити ті чи інші ускладнення. На допомогу лік...

Російські вчені розробили «живі» бинти

Російські вчені розробили «живі» бинти

Незважаючи на те, що шкіра є органом, який має достатньо високий потенціал до регенерації, все ж при серйозних травмах начебто опіків або глибоких ран вона не може відновитися повністю. Тому в деяких випадках вдаються до пересадки...

Вчені з США розробили штучний аналог очі

Вчені з США розробили штучний аналог очі

Новий винахід представили вчені з Школи інженерних і прикладних наук при Гарвардському університеті — вони створили штучний очей, що працює за принципом людського, — повідомляє РИА «Новини» з посиланням на Th...

Як правильно тренувати мозок?

Як правильно тренувати мозок?

Ми часто задаємося питанням, чому одні без проблем вже в 9 років займаються програмуванням (як Ілон Маск, якому подарували комп'ютер саме в ці роки), а інші в цей час ледь можуть запам'ятати таблицю множення. Ці і багато інші здіб...

Органи для трансплантації будуть вирощувати овець...

Органи для трансплантації будуть вирощувати овець...

Поза всяких сумнівів, одними з найбільш серйозних захворювань є ті, які настільки сильно вражають органи людини, що останні стають нездатні виконувати свою функцію. Тоді доводиться вдаватися до трансплантології. Однак не кожен пер...

Вчені знайшли незвичайне застосування редактору геному CRISPR

Вчені знайшли незвичайне застосування редактору геному CRISPR

Всі люди, що цікавляться наукою, напевно вже не раз чули про редакторі геному CRISPR. Його вже неодноразово використовували для внесення змін у генетичний код і в ряді інших подібних експериментів. Однак, як повідомлять видання En...

Мікроскопічні перекидалися роботи будуть використовуватися в медицині

Мікроскопічні перекидалися роботи будуть використовуватися в медицині

Використання мікроскопічних пристроїв і навіть в медицині стає останнім часом чимось само собою зрозумілим. Але інженери не припиняють роботу в даному напрямку і з кожним роком представляють нам свої нові винаходи, здатні полегшит...

У Японії створили ідеальні ліки проти грипу

У Японії створили ідеальні ліки проти грипу

Японські фармацевти оголосили про створення препарату проти грипу, здатного вбити вірус протягом дня. Він діє набагато швидше існуючих аналогів і потребує лише одноразового прийому, повідомляє Washington Post. Головним засобом бо...

Вченим вперше вдалося відтворити легеневу тканину

Вченим вперше вдалося відтворити легеневу тканину

Лікування стовбуровими клітинами знаходить все більше застосування в медичній практиці. Так, наприклад, група китайських вчених з Університету Тунцзі не так давно не просто знайшла нове застосування відомої технології, але і зроби...

Відкритий спосіб «відключати» стійкість ракових клітин до протипухлинних препаратів

Відкритий спосіб «відключати» стійкість ракових клітин до протипухлинних препаратів

Однією з головних проблем в лікуванні онкологічних захворювань є не тільки досить швидке поширення пухлин, але і їх здатність виробляти стійкість до різних засобів хіміотерапії. Це призводить до того, що проліковані пухлини можуть...

Лікарі будуть використовувати QR-коди замість ліків

Лікарі будуть використовувати QR-коди замість ліків

Незважаючи на бурхливий розвиток фармакології і поява нових видів ліків і методів лікування, основний спосіб доставки таблеток, капсул та пігулок ніяк не змінився за всю історію: ліки треба випити. Причому дозування в такому випад...

Розумні будинки не тільки автоматизують ваше життя, але і допоможуть стежити за здоров'ям

Розумні будинки не тільки автоматизують ваше життя, але і допоможуть стежити за здоров'ям

Минуло більше п'ятдесяти років з тих пір, як ми вперше зазирнули в майбутнє розумних будинків, представлене в популярному мультсеріалі «Джетсоны». «Румба», звичайно, не особливо схожий на Розі, але в сучасних будинках передові тех...

Канадські вчені створили майже вічні зубні пломби

Канадські вчені створили майже вічні зубні пломби

У більшості населення нашої планети є ті чи інші проблеми з зубами. Та й майже у кожного з нас є пломби. Але пломби недовговічні. Вони руйнуються і потребують заміни. Однак нещодавно вчені створили пломбувальний матеріал, який не ...

Вчені відкрили гени регенерації

Вчені відкрили гени регенерації

Як відомо, є на нашій планеті істоти, які володіють неймовірною здатністю до регенерації, що дозволяє відрощувати втрачені кінцівки і відновлювати органи. І багато вчені давно стверджують, що практично будь-який організм має такі ...

Створено керований силою думки екзоскелет руки

Створено керований силою думки екзоскелет руки

Швейцарські інженери з Федеральної політехнічної школи Лозанни створили робочий прототип екзоскелету кисті руки, яким можна керувати силою думки. Розробники змогли обійтися без імплантації електродів під шкіру, розмістивши їх на с...

Канадські вчені створили синтетичний вірус віспи

Канадські вчені створили синтетичний вірус віспи

Незважаючи на те, що безліч існуючих вірусів ще не остаточно переможена, є всі-і ті, з якими людству вдалося впоратися. Одним з таких є вірус віспи, але група дослідників з Альбертського університету нещодавно відтворила небезпечн...

Вчені наблизилися до створення універсальної вакцини від грипу

Вчені наблизилися до створення універсальної вакцини від грипу

Грип щорічно збирає свої жертви. Вчені та медики рятують життя, регулярно выкатывая сезонні вакцини і розгортаючи ліки для боротьби з вірусом і його вторинними інфекціями. Але тим не менш від грипу гинуть десятки тисяч людей і гос...

Винайдено новий вид аналізу крові для діагностики раку

Винайдено новий вид аналізу крові для діагностики раку

Діагностика багатьох життєзагрожуючих станів часто утруднюється тим, що для їх визначення потрібні далеко не завжди прості у виконанні маніпуляції. Однак група американських дослідників запропонувала метод діагностики раку за анал...

Створений робот-лікар, який стимулює зростання внутрішніх органів

Створений робот-лікар, який стимулює зростання внутрішніх органів

Регенераторні можливості нашого організму, незважаючи на досить великі резерви, вельми і вельми обмежені, особливо якщо питання стосується відновлення внутрішніх органів після пошкодження. І експерти Бостонської педіатричній лікар...