Génétique «de l'arche de Noé» sauvera 66 000 espèces

Un consortium International composé de plus de 50 institutions, l'autre jour, a annoncé un ambitieux projet de collecte de séquences du génome de plus de 66 000 espèces de vertébrés sur toute la Terre, y compris les mammifères, les oiseaux, les reptiles, les amphibiens et les poissons. Total du projet coûtera 600 millions de dollars, mais la proportion de lui, pour ainsi dire, de la bible.

Le Projet de génomes de vertébrés (les Vertébrés Genomes Project, VGP) organise un consortium appelé Genome 10K, ou G10K. Comme son nom l'indique, ce groupe avait initialement prévu de séquencer les génomes de pas moins de 10 000 espèces de vertébrés, mais maintenant, grâce à l'énorme succès et à la réduction de la valeur des technologies de séquençage de gènes, G10K, a décidé de relever les taux et séquencer comme des mâles et des femelles de chaque environ 66 000 espèces sur la Terre.

Combien d'espèces terrestres, vous pouvez sauver, si vous mourrez à 99%?

Les Créateurs du projet ont annoncé de nouveaux objectifs lors de la conférence G10K 2018, qui s'est tenue à l'Université Rockefeller à New York. Le projet comprendra plus de 150 experts de 50 institutions et 12 pays.

Avec l'annonce présenté le 14 nouveaux de haute qualité des génomes d'espèces, représentant tous les cinq classes de vertébrés, y compris les génomes d'un grand fer à cheval de la chauve-souris, le canadien de lynx, ornithorynque, le colibri d'Anna, le perroquet какапо (ce qui reste à seulement 150), de la tortue du désert Hood, хвостатой червяги (étrange amphibiens, semblable à un serpent) et анабаса. Ces 14 génomes et les autres, recueillies dans le cadre du projet, seront accessibles aux chercheurs pour des fins de recherche.

VGP — ce n'est pas simplement le séquençage des génomes des animaux. Comme le projet du génome humain (Human Genome Project), est une entreprise de certainement aura lieu percées dans le haut de gamme de séquençage et l'assemblage du génome, ce qui conduira à une baisse des coûts et la réduction des erreurs. Le projet a également pour s'occupera des questions importantes dans la biologie et de la médecine, ce qui sera utile pour l'étude de l'évolution, de la génomique et de la консервационной de la biologie. Le catalogue complet des espèces de vertébrés de la Terre pourrait servir de protection de l'extinction — pour empêcher l'extinction, et pour un éventuel rétablissement des espèces dans l'avenir.

Oliver Reiher, co-fondateur de G10K et directeur de l'Institut de консервационных recherche, avec le zoo de San Diego, dit que le VGP a le potentiel de transformer tous les domaines de la biologie». Il estime que les scientifiques seront en mesure de comprendre les raisons de l'extinction, ainsi que l'émergence de mutations nuisibles, de la consanguinité et des goulets d'étranglement. Les gens ont la possibilité de maintenir son patrimoine biologique.

Quand G10K a été lancé il y a 10 ans, ses membres n'avaient aucune idée de combien de temps il faudra pour séquencer les génomes de qualité suffisante pour se livrer à la science et il était disponible.

«Je suis incroyablement excité, parce que nous avons maintenant tous les leviers pour faire les choses correctement», explique David Haussler, co-fondateur de G10K et directeur de l'Institut de génomique de l'université de Californie à Santa Cruz. «Maintenant, nous n'avons aucune raison de ne pas le faire.

Pour créer de haute qualité des assemblages du génome, l'équipe de VGP préfère la «un long enregistrements», plutôt court, c'est à dire quand la technologie de séquençage produisent de longs passages de données génétiques. Parmi eux, il pourrait être plus facile de recueillir une séquence d'ADN dans les chromosomes entiers. Au lieu de travailler avec le puzzle des millions de morceaux longs, de l'écriture mènera à l'énigme des milliers de ceux-ci.

En outre, les scientifiques de s'abstenir de l'association hommes et femmes de chromosomes dans un génome à la pratique ordinaire, ce qui conduit à une trop grande des erreurs. Au lieu de cela, l'équipe sera de recueillir paternelle et maternelle de l'ADN d'individus dans le processus de фазирования. Chaque type sera collectée séparément et pour que le travail n'avait pas besoin de répéter à l'avenir.

«tant attendu des progrès dans le séquençage permettent de commencer le séquençage de l'ADN littéralement de novo (zéro)», disent les scientifiques.

Et en effet, pas si longtemps, il a coûté des millions de dollars et a exigé de nombreuses années pour compléter le même génome d'un animal. Les nouvelles technologies de séquençage dans un court laps de temps, vous permettront de créer un génome en une semaine, dit Adam Filippi, le représentant de l'Assemblée G10K. À l'heure actuelle le séquençage de l'ADN d'un nouveau type coûte environ 30 000 dollars.

Une Nouvelle séquence de génomes seront stockées dans une base de données Genome Ark («l'Arche»), numérique ouvert la bibliothèque des génomes.

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